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【佳學基因檢測】人的外表中的牙齒異基因檢測及其科學依據(jù)

【佳學基因檢測】人的外表中的牙齒異基因檢測及其科學依據(jù) 基因解碼基因檢測在揭示綜合征性缺牙(TA)的遺傳學方面取得了顯著進展,最常見的孤立性缺牙的病因?qū)τ跀?shù)據(jù)庫比對來說仍然困難。基因解碼已確定了一些新的基因和變異,揭示了牙齒發(fā)育過程中相關(guān)基因的新途徑。此外,隨著新一代測序等新研究方法的應(yīng)用,基因解碼基因檢測進一步為缺牙的寡基因遺傳模型提供

佳學基因檢測】人的外表中的牙齒異基因檢測及其科學依據(jù)


基因解碼基因檢測在揭示綜合征性缺牙(TA)的遺傳學方面取得了顯著進展,最常見的孤立性缺牙的病因?qū)τ跀?shù)據(jù)庫比對來說仍然困難。基因解碼已確定了一些新的基因和變異,揭示了牙齒發(fā)育過程中相關(guān)基因的新途徑。此外,隨著新一代測序等新研究方法的應(yīng)用,基因解碼基因檢測進一步為缺牙的寡基因遺傳模型提供了更多證據(jù),這有助于解釋該病的表型變異性。在《人體的基因序列變化與疾病表征》中,佳學基因介紹目前有關(guān)人類綜合征性和孤立性缺牙的遺傳機制,并強調(diào)結(jié)合新一代測序方法識別致病基因和修飾基因的價值。

關(guān)鍵詞:缺牙,病因,基因,遺傳

1. 牙齒基因檢測的遺傳學基礎(chǔ)導讀

牙齒發(fā)育需要口腔上皮與神經(jīng)嵴衍生的間充質(zhì)之間的多次信號相互作用,并受到多種信號分子及其下游信號通路的精確控制。這些信號相互作用使得牙齒能夠形成具有高度特化結(jié)構(gòu)的不同類型的牙齒,如門牙、犬齒、前磨牙和臼齒。任何發(fā)育過程中的干擾都可能影響牙齒的生長、分化與模式形成。

牙齒發(fā)育不全(TA)是指由于牙齒發(fā)育過程中受到干擾,導致一顆或多顆恒牙先天性缺失。TA 是最常見的牙齒發(fā)育異常,并且可能是約150種綜合征的標志性表現(xiàn),雖然它也可獨立存在,偶爾發(fā)生或家族遺傳。TA 的遺傳模式包括常染色體顯性、常染色體隱性或X連鎖,表現(xiàn)出明顯的滲透力和表現(xiàn)度差異。根據(jù)缺失牙齒數(shù)量,TA 被分為牙發(fā)育不全(缺失不超過5顆牙齒)或少牙(缺失6顆及以上牙齒)。如果所有恒牙缺失,則稱為無牙,通常與TA的綜合征形式相關(guān)。

TA的發(fā)生率存在顯著差異,并且在不同性別和種族群體中表現(xiàn)出不同的患病率。研究顯示,單顆牙齒缺失的患病率為3%至10%,而少牙的患病率較低,僅為0.1%至0.5%(不包括第三磨牙)。若包括第三磨牙,患病率則可高達25%。最常見的缺失牙齒包括下頜第二恒牙、上頜側(cè)門牙和上頜第二恒牙。女性較男性更易發(fā)生TA,比例為3:2。

TA的發(fā)病偶爾與外部因素相關(guān),如感染、創(chuàng)傷、化療或放療,但大多數(shù)情況下與遺傳因素密切相關(guān)。研究表明,牙齒的發(fā)育過程受到嚴格的基因控制,這些基因決定了牙齒的數(shù)量、形狀和位置。多年來,通過轉(zhuǎn)基因動物研究,我們獲得了功能數(shù)據(jù),證明骨形態(tài)發(fā)生蛋白(BMP)、成纖維生長因子(FGF)、音猬因子(SHH)和WNT信號通路的基因突變會導致牙齒發(fā)育異常,從牙齒形態(tài)缺陷到牙齒發(fā)育完全停止。

目前,已有多種基因突變被認為是TA的致病因素。然而,已知的突變僅能解釋部分病例,因此關(guān)于TA的潛在分子機制仍有許多未知領(lǐng)域。最近,表觀遺傳調(diào)控也被認為在TA的發(fā)生中發(fā)揮重要作用。此外,新一代測序等先進技術(shù)的出現(xiàn),為識別新型TA基因和變異提供了有力支持,也揭示了這些遺傳缺陷的潛在病因。

2. 牙齒缺失的遺傳基礎(chǔ)

2.1 與牙齒發(fā)育不全相關(guān)的綜合征

TA常常作為約150種綜合征的一部分出現(xiàn)。這些綜合征通常與口面部裂隙綜合征和外胚層發(fā)育不良綜合征相關(guān)。由于牙齒發(fā)育與其他外胚層器官的發(fā)育機制相似,參與牙齒發(fā)育的基因往往也在其他器官的發(fā)育過程中發(fā)揮作用。表1總結(jié)了與TA相關(guān)的綜合征形式及其病因基因。

表 1.與綜合征牙缺失及相關(guān)表型有關(guān)的基因。

基因/位點
OMIM 染色體 綜合癥 遺傳方式 牙齒/口腔表型 動物模型 動物模型表型
ADAMTS2 604539 5q35.3 埃勒斯-丹洛斯綜合征 常染色體隱性遺傳 牙齒缺失、小牙、牙齒變色 牛模型 皮膚孢子病表型類似于 EDS VII C 型
ANTXR1 606410 2p13.3 生長遲緩、脫發(fā)、假性無牙癥和視神經(jīng)萎縮 (GAPO) 綜合征 常染色體隱性遺傳 牙齒發(fā)育不全,萌出延遲 是的 生長遲緩、骨質(zhì)流失、頭骨縮短、額骨凸起、中面部發(fā)育不全
AXIN2 604025 17q24.1 少牙-結(jié)直腸癌綜合征 常染色體顯性遺傳 少牙癥 是的 顱骨形態(tài)異常
COL1A1/2 120150 17q21.33 成骨不全癥 1 型 常染色體顯性遺傳 牙齒缺失、少牙 是的 致命、骨折
CREBBP 600140 16p13.3 魯賓斯坦-泰比綜合征 常染色體顯性遺傳 牙齒發(fā)育不全、下頜后縮、小頜畸形、腭弓/窄腭、爪尖、牙齒擁擠、螺絲刀門牙、交叉咬合和牙釉質(zhì)發(fā)育不全 是的 骨骼畸形
EDA 300451 Xq13.1 外胚層發(fā)育不良,少汗癥 性連鎖隱性遺傳 無牙癥、牙齒發(fā)育不全、牙齒畸形、小牙癥 是犬 不完整的錐形牙齒
EDAR 604095 2季度13 外胚層發(fā)育不良,少汗/毛發(fā)/牙齒型 常染色體隱性遺傳 無牙、缺牙、少牙 小鼠模型 臼齒數(shù)量減少、門牙小、臼齒小、釉質(zhì)結(jié)形態(tài)異常
EDARADD 606603 1q42-q43 外胚層發(fā)育不良,少汗/毛發(fā)/牙齒型 常染色體顯性遺傳 無牙癥、缺牙癥、牛牙癥、小牙癥 小鼠模型 牙齒形態(tài)異常,臼齒數(shù)量減少,臼齒小,牙釉質(zhì)形態(tài)異常
EVC 604831 4p16.2 Ellis-van Creveld 綜合征和 Weyers 肢端骨發(fā)育不全 常染色體隱性遺傳/常染色體隱性遺傳 原生牙、牙釉質(zhì)異常、牙齒缺失、小牙畸形 小鼠模型 牙釉質(zhì)缺陷、牙齒形態(tài)異常
EVC2 607261 4p16.2 Ellis-van Creveld 綜合征和 Weyers 肢端骨發(fā)育不全 常染色體隱性遺傳/常染色體隱性遺傳 原生牙齒、牙釉質(zhì)異常、牙齒缺失、少牙、小牙 小鼠模型 小牙畸形,上門牙較小,顱骨較小
FGF10 602115 5p12 淚耳齒指綜合征 常染色體顯性遺傳 牙齒發(fā)育不全(上頜門牙)、小牙畸形、延遲萌出、牙釉質(zhì)發(fā)育不良 小鼠模型 牙齒形態(tài)異常,門牙短,臼齒小,腭發(fā)育異常,舌頭形態(tài)異常
FGFR1 136350 8p11.23 卡爾曼綜合征 卡儂座 牙齒發(fā)育不全、唇裂/腭裂 小鼠模型 顱骨形態(tài)異常、面部不對稱、門牙過長
FGFR2 176943 10q26.13 淚耳齒指綜合征 常染色體顯性遺傳 牙齒發(fā)育不全(上頜門牙)、小牙畸形、萌出延遲、牙釉質(zhì)發(fā)育不良 小鼠模型 牙齒發(fā)育停滯、門牙過長、臼齒數(shù)量減少、小頜畸形
Apert 綜合征 常染色體顯性遺傳 牙齒發(fā)育不全(上頜犬齒)、牙釉質(zhì)混濁、異位萌出、牙齦增生 小鼠模型 牙齒發(fā)育停滯、門牙過長、臼齒數(shù)量減少、小頜畸形
FGFR3 134934 4p16.3 伴有黑棘皮癥的 Crouzon 綜合征 常染色體顯性遺傳 牙齒發(fā)育不全、錯頜畸形、牙骨質(zhì)瘤、牙齒萌出延遲、中面部發(fā)育不全 小鼠模型 牙齒錯位、門牙過長、咬合不正、下頜突出、上頜后縮
FLNB 603381 3p14.3 Larsen 綜合征 常染色體顯性遺傳 牙齒發(fā)育遲緩、牙齒發(fā)育遲緩、3 類咬合、形態(tài)異常 小鼠模型 顱骨形態(tài)異常
FOXC1 601090 6p25.3 Axenfeld–Rieger 綜合征 3 型 常染色體顯性遺傳 牙齒缺失、小牙畸形、牛牙畸形 小鼠模型 下頜骨短
GJA1 121014 6q22.31 眼牙指發(fā)育不良 AD、AR 小牙畸形、牙釉質(zhì)發(fā)育不全、牙齒發(fā)育不良、牙齒萌出延遲 小鼠模型 牙齒形態(tài)異常、小牙畸形、上下頜骨小、牙釉質(zhì)厚度減少
GRHL2 608576 8q22.3 外胚層發(fā)育不良/身材矮小綜合征 常染色體隱性遺傳 牙齒萌出延遲、牙齒發(fā)育不全、牙釉質(zhì)發(fā)育不全 小鼠模型 顱骨形態(tài)異常、面部和中線裂隙
IRF6 607199 1q32.2 范德沃德綜合征 常染色體顯性遺傳 牙齒發(fā)育不全、唇裂/腭裂 小鼠模型 牙齒形態(tài)異常、腭部發(fā)育異常、下頜骨較小
JAG1 601920 20p12.2 阿拉吉爾綜合征 常染色體顯性遺傳 牙齒發(fā)育不全、牙釉質(zhì)發(fā)育不全和混濁、礦化不足 小鼠模型 上頜骨短、咬合不正、腭形態(tài)異常
KDM6A 300128 Xp11.3 歌舞伎綜合癥2 XLR 高腭弓、錯頜畸形、小牙畸形、小牙弓、牙齒缺失、嚴重上頜骨萎縮、錐形牙齒 小鼠模型 顱裂
KMT2D 602113 12q13.12 歌舞伎癥候群1 常染色體顯性遺傳 高腭弓、錯頜畸形、小牙畸形、小牙弓、牙齒缺失、嚴重上頜后縮、錐形牙齒 小鼠模型 上頜骨短,吻部扁平
KREMEN1 609898 22q12.1 外胚層發(fā)育不良,毛發(fā)/牙齒類型 常染色體隱性遺傳 少牙、牙齒發(fā)育不全、牙槽嵴缺失、腭深度增加 是的 無顱面表型
MKKS 604896 20p12.2 Bardet-Biedl 綜合征 常染色體隱性遺傳 牙齒擁擠、高腭弓、牙齒發(fā)育不全、錯頜畸形、牙釉質(zhì)發(fā)育不全、下頜后縮 小鼠模型 嗅覺上皮異常
MSX1 142983 4p16.1 Witkop 綜合征 常染色體顯性遺傳 牙齒缺失、少牙 小鼠模型 牙齒發(fā)育停滯、指甲床和指甲板缺陷、腭裂
NEMO 300248 Xq28 色素失調(diào)癥 西洋參 缺牙、無牙、小牙 小鼠模型 無顱面表型
NSD1 606681 5q35.3 Sotos 綜合征 I 常染色體顯性遺傳 牙齒發(fā)育不全、牙釉質(zhì)缺損、錯頜畸形 小鼠模型 無顱面表型
OFD1 300170 2.2 口面指綜合征I 性連鎖遺傳 牙齒發(fā)育不全、側(cè)門牙缺失、犬齒錯位、小頜畸形 是的 初級纖毛形成然后消失,腎囊腫
P63 603273 3q28 頜面裂 8、拉普-霍奇金畸形、缺指癥、外胚層發(fā)育不良和唇腭裂綜合征 3 常染色體顯性遺傳 牙齒發(fā)育不全、牙釉質(zhì)發(fā)育不全、廣泛齲齒、下頜尖牙發(fā)育不全、普遍性小牙畸形、上頜恒切牙邊緣脊突出、恒磨牙呈圓形、上頜恒中切牙呈桶狀 小鼠模型 牙齒發(fā)育停滯、上下頜骨小、顱面發(fā)育異常、腭裂
PITX2 601542 4q25 Axenfeld–Rieger 綜合征 1 型 常染色體顯性遺傳 牙齒發(fā)育不全、小牙畸形、牙釉質(zhì)發(fā)育不全 小鼠模型 上頜骨和下頜骨形態(tài)異常,牙齒發(fā)育停滯
PVRL1 600644 11q23.3 唇腭裂-外胚層發(fā)育不良 常染色體隱性遺傳 牙齒缺失、唇腭裂、牙齒形態(tài)異常、小牙畸形 小鼠模型 牙齒形態(tài)異常
RECQL4 603780 8q24.3 羅斯蒙德-湯姆森綜合征 常染色體隱性遺傳 牙齒發(fā)育不全、小牙、牙齒發(fā)育不全 小鼠模型 牙齒萌出延遲、腭裂
RSK2 300075 Xp22.12 Coffin–Lowry 綜合征 性連鎖遺傳 高窄腭、中線舌溝、牙齒缺失和小牙畸形 小鼠模型 牙齒形態(tài)異常、多生牙
SHH 600725 7q36.3 全前腦畸形 常染色體顯性遺傳 唇腭裂、單中央門牙、小頜畸形 是的 牙齒形態(tài)異常、小牙畸形
TBX3 601621 12q24.21 尺乳綜合征 常染色體顯性遺傳 牙齒發(fā)育不全、犬齒異位和發(fā)育不全 是的 繼發(fā)性腭裂
TCOF1 606847 5q32-q33 特雷徹·柯林斯綜合征 常染色體顯性遺傳 牙齒缺失、小頜畸形、錯頜畸形、牙齒間隙 是的 下頜骨和上頜骨較短
TFAP2B 601601 6p12.3 炭疽病 常染色體顯性遺傳 少牙、牙齒發(fā)育不全、厚嘴唇、乳牙滯留 是的 無顱面表型
TFAP2B 190685 21q22.13 唐氏綜合癥 零星病例 牙齒發(fā)育不全,萌出延遲,上頜中切牙呈桶狀 是的 全身發(fā)育不全和發(fā)育遲緩、腎積水、心臟和神經(jīng)系統(tǒng)缺陷
TFAP2B 612920 21q22.3 外胚層發(fā)育不良 常染色體隱性遺傳 牙齒缺失、小牙 是的 無顱面表型
UBR1 605981 15q15.2 約翰遜-暴風雪綜合征 常染色體隱性遺傳 少牙癥 是的 無顱面表型
WNT10A 606268 2q35 牙髓發(fā)育不良 常染色體隱性遺傳 少牙癥、牙齒缺失癥、小牙癥 是的 磨牙發(fā)育停滯、多生磨牙、牙齒形態(tài)異常
肖普夫-舒爾茨-帕薩格綜合征 常染色體隱性遺傳 少牙癥、牙齒缺失癥、小牙癥 是的 磨牙發(fā)育停滯、多生磨牙、牙齒形態(tài)異常

OMIM,人類在線孟德爾遺傳(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/)AR,常染色體隱性遺傳;AD,常染色體顯性遺傳;XLD,x 連鎖顯性遺傳;XLR,x 連鎖隱性遺傳;IC,孤立病例。

 

2.1.1. 外胚層發(fā)育不良綜合征
外胚層發(fā)育不良 (ED) 是一類表現(xiàn)為皮膚、毛發(fā)、指甲、牙齒、外分泌腺和皮脂腺等多個系統(tǒng)缺陷的疾病。已有研究揭示了由不同基因突變引起的各種ED類型,其中X連鎖隱性少汗癥 (HED) 是最常見的ED,主要由EDA基因突變引起。目前,已發(fā)現(xiàn)超過200種EDA基因突變。EDA蛋白是一種腫瘤壞死因子超家族成員,作為信號分子參與上皮形態(tài)發(fā)生。通過與其受體EDAR結(jié)合,EDA激活下游靶蛋白,調(diào)控相關(guān)細胞過程。EDAR與EDARADD基因突變會導致常染色體顯性或隱性遺傳的HED。除了牙齒發(fā)育受損外,ED還常伴隨輕微的外胚層異常。

Witkop綜合征是一種罕見的常染色體顯性ED,涉及牙齒和指甲異常,由MSX1基因突變引起。盡管少數(shù)病例中有毛發(fā)稀疏或細弱,大多數(shù)患者的毛發(fā)和汗腺正常。MSX1是一個轉(zhuǎn)錄因子,在脊椎動物發(fā)育過程中發(fā)揮關(guān)鍵作用,參與多個組織的發(fā)育。在小鼠中,MSX1對牙胚的初期發(fā)育至關(guān)重要,其缺失會導致牙齒發(fā)育停滯和顱面骨骼缺陷。超過20種MSX1突變與人類的綜合征性和非綜合征性TA相關(guān)。

牙甲皮發(fā)育不良 (OODD) 和Schopf–Schulz–Passarge綜合征 (SSPS) 由WNT10A基因的純合或復(fù)合雜合突變引起,是常染色體隱性遺傳病。這些病癥表現(xiàn)為干燥頭發(fā)、嚴重的TA、光滑舌、掌跖角化病和指甲異常。WNT10A在牙齒發(fā)育中扮演重要角色,通過Wnt-β-catenin信號通路激活下游靶基因。盡管在小鼠中WNT10A敲除導致牙齒發(fā)育異常,但人類的TA表型卻與之相反,表現(xiàn)為牙齒缺失。

在一些巴勒斯坦血緣家族中,KREMEN1基因的純合突變被與ED相關(guān)聯(lián)。KREMEN1作為Wnt信號通路的負調(diào)節(jié)因子,通過抑制Wnt信號的轉(zhuǎn)導調(diào)節(jié)細胞過程。KREMEN1突變的小鼠表現(xiàn)為肢體缺陷和骨密度增高,但未見顯著的其他表型。

2.1.2. 口面部裂隙綜合征
范德沃德綜合征 (VWS) 是最常見的唇腭裂綜合征之一,具有常染色體顯性遺傳方式。患者通常有唇裂(可能伴腭裂),并可能出現(xiàn)TA。VWS由IRF6基因突變引起,IRF6在顱面發(fā)育過程中調(diào)節(jié)角質(zhì)形成細胞的增殖和分化。小鼠模型顯示IRF6缺失會導致皮膚、肢體和顱面發(fā)育異常,表現(xiàn)為腭裂等畸形。IRF6的突變是孤立性和綜合征性唇腭裂的主要遺傳因素。

唇腭裂-外胚層發(fā)育不良綜合征是由PVRL1基因突變引起的一種罕見的常染色體隱性遺傳病。PVRL1編碼的nectin-1在細胞間粘附和緊密連接的形成中發(fā)揮關(guān)鍵作用。臨床上,患者可能表現(xiàn)為獨特的面部特征、唇腭裂、外胚層發(fā)育不良、手指或腳趾并指畸形及牙齒發(fā)育異常。

2.1.3. Axenfeld–Rieger綜合征
Axenfeld–Rieger綜合征是一種常染色體顯性遺傳病,表現(xiàn)為眼前節(jié)發(fā)育異常,約50%的患者因青光眼失明。此病還可能伴隨全身異常,如臍帶復(fù)舊不全、尿道下裂及牙齒異常。該病由PITX2基因突變引起,該基因在牙齒發(fā)育過程中發(fā)揮重要作用。小鼠研究表明,PITX2缺失導致牙齒發(fā)育停止,并在脊椎動物的左右不對稱形成中扮演關(guān)鍵角色。

2.1.4. 家族性腺瘤性息肉病綜合征
家族性腺瘤性息肉病 (FAP) 是一種常染色體顯性遺傳病,特征為結(jié)腸和直腸的多發(fā)性腺瘤性息肉。該病還可能伴隨表皮樣囊腫、纖維瘤和牙齒異常,包括多生牙和復(fù)合牙瘤等。FAP由APC基因突變引起,約17%的患者有牙齒異常,部分病例出現(xiàn)TA。研究表明,F(xiàn)AP患者的牙齒異??赡芘c結(jié)腸癌的遺傳易感性相關(guān)。

2.1.5. 少牙-結(jié)直腸癌綜合征
AXIN2基因的種系突變與芬蘭一個家族的少牙癥和結(jié)直腸癌密切相關(guān)。該家族的成員有多達8顆恒牙缺失。研究還發(fā)現(xiàn)AXIN2突變與結(jié)直腸癌相關(guān)基因變異密切相關(guān),提示這些基因可能在牙齒發(fā)育及腫瘤發(fā)展中發(fā)揮作用。

2.2. 孤立性(非綜合征性)牙齒缺失

動物模型中綜合征性缺牙(TA)的綜合征形式和與正常牙齒發(fā)育有關(guān)的基因為識別人類孤立性綜合征性缺牙(TA)的候選基因提供了重要線索。迄今為止,已有許多基因被提出為孤立性綜合征性缺牙(TA)的病因(表 2)。

表 2.:與孤立性牙齒發(fā)育不全有關(guān)的基因。

 

人體疾病表征代碼 基因信息的高精度定位 牙齒表型
AXIN2 604025 17q24.1 少牙癥、牙齒發(fā)育不全
ANTXR1 606410 2p13.3 少牙癥、牙齒發(fā)育不全
COL17A1 113811 10q25.1 牙齒發(fā)育不全
DKK1 605189 10q21.1 牙齒發(fā)育不全
EDA 300451 Xq13.1 少牙癥、牙齒發(fā)育不全
EDAR 604095 2q13 少牙癥、牙齒發(fā)育不全
EDARADD 606603 1q42-q43 少牙癥、牙齒發(fā)育不全
FGFR1 136350 8p11.23 牙齒發(fā)育不全
GREM2 608832 1q43 牙齒缺失、小牙畸形、牛牙畸形
IRF6 607199 1q32.2 牙齒發(fā)育不全、唇窩
MSX1 142983 4p16.2 少牙癥、牙齒發(fā)育不全
LAMA3 600805 18q11.2 牙齒發(fā)育不全
LRP6 603507 12p13.2 少牙癥
LTBP3 602090 11q13.1 少牙癥、牙齒發(fā)育不全
PAX9 167416 14q13.3 少牙癥、牙齒缺失癥、小牙癥
SMOC2 607223 6q27 少牙癥、小牙癥、形態(tài)異常
WNT10A 606268 2q35 少牙癥、牙齒發(fā)育不全
WNT10B 601906 12q13.12 少牙癥、小牙癥

 

2.2.1. MSX1

MSX1突變是孤立性綜合征性缺牙(TA)患者中首次描述的突變 [ 152 ]。此后,已報道了 20 多種與孤立性綜合征性缺牙(TA)相關(guān)的MSX1突變,其中大多數(shù)是位于同源框結(jié)構(gòu)域的無義突變或錯義突變,這表明MSX1的單倍體不足是綜合征性缺牙(TA)表型的基礎(chǔ) [ 153 ](圖 1)。同源框結(jié)構(gòu)域的突變會破壞 DNA 結(jié)合并優(yōu)先導致孤立性 TA,同時蛋白質(zhì)天然未折疊的 N 端部分的變異通常會導致口面部裂。這些觀察結(jié)果表明,MSX1 突變的影響與受影響的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域直接相關(guān)。MSX1相關(guān)綜合征性缺牙(TA)通常包括缺失上頜和下頜第二前磨牙以及上頜第一前磨牙。

圖 1.

圖 1

MSX1、PAX9和WNT10A基因中預(yù)測的錯義、移碼和無義突變的位置。綠色框代表外顯子,外顯子之間的水平線代表內(nèi)含子。HD 對應(yīng)于MSX1中的同源域。PD 對應(yīng)于PAX9中的配對域。UTR:非翻譯區(qū)。

 

2.2.2. PAX9
PAX9 屬于成對盒 (PAX) 轉(zhuǎn)錄因子家族,這個家族對多種多細胞生物的正常發(fā)育至關(guān)重要。除了 MSX1 外,PAX9 長期被認為與分離型綜合征性缺牙(TA)表型相關(guān),且是牙齒發(fā)育研究中最廣泛研究的基因之一 。PAX9 在假定的牙間充質(zhì)中表達,起到激活信號并啟動牙齒發(fā)育的作用。在小鼠模型中,PAX9 的缺失會導致牙齒發(fā)育在芽期停止。

迄今為止,已收錄了30多種與綜合征性缺牙(TA)相關(guān)的 PAX9 變異,其中大多數(shù)位于基因外顯子2,表現(xiàn)為插入/缺失或錯義突變,這些變異影響了 PAX9 蛋白的配對結(jié)構(gòu)域 (見圖1)。PAX9 變異通常與第二恒磨牙的發(fā)育不全有關(guān),其次是第二前磨牙,少數(shù)情況下也與前牙發(fā)育不全相關(guān)??傮w而言,TA 表型的嚴重程度與突變類型及其對 PAX9 功能的影響密切相關(guān)。與錯義突變的個體相比,攜帶無義突變或移碼突變的個體通常表現(xiàn)出更嚴重的表型。在綜合征性缺牙(TA)中,已知的 PAX9 突變呈雜合遺傳,符合常染色體顯性遺傳模式,表明單倍體不足可能是導致該表型的原因。有研究表明,攜帶 PAX9 突變的綜合征性缺牙(TA)患者通常表現(xiàn)出較小的牙冠尺寸。

2.2.3. AXIN2
AXIN2 的稀有和常見變異與孤立型綜合征性缺牙(TA)有關(guān),且常表現(xiàn)為受影響牙齒的混合發(fā)育模式。在綜合征性缺牙(TA)個體中,已描述了磨牙、下切牙和上側(cè)切牙的發(fā)育不全,并且至少有一顆切牙缺失的情況較為常見。文獻中廣泛報道了五種 AXIN2 突變,包括四種錯義突變(c.956+16A > G;p.Pro50Ser、c.2051C > T;p.Ala684Val、c.2062C > T;p.Leu688Leu 和 c.2272G > A;p.Ala758Thr)和一種移碼突變(c.1994insG;p.Asn666GlyfsX41)。在所有受影響的個體中,移碼突變與牙齒缺失的關(guān)聯(lián)性高于錯義突變。

2.2.4. WNT10A
WNT10A 一直是許多綜合征性缺牙(TA)遺傳研究的重點。在缺失1至3顆牙齒的綜合征性缺牙(TA)患者中,約 15.8% 的病例以及缺失超過4顆牙齒的綜合征性缺牙(TA)患者中,約 52% 的病例已發(fā)現(xiàn) WNT10A 的 50 多種雜合、純合及復(fù)合雜合變異 。最近的基因型-表型相關(guān)性研究為 WNT10A 在綜合征性缺牙(TA)中的作用提供了深入的見解??傮w而言,與僅攜帶單一變異的個體相比,WNT10A 的復(fù)合雜合突變與嚴重的綜合征性缺牙(TA)和大量牙齒缺失相關(guān)。盡管 WNT10A 變異個體沒有特定的牙齒缺失模式,但上頜和下頜磨牙以及下頜前牙缺失的情況經(jīng)常被報。值得注意的是,雜合的 WNT10A 變異也已在未患綜合征性缺牙(TA)的家庭成員以及無綜合征性缺牙(TA)或無綜合征性缺牙(TA)家族史的對照個體中發(fā)現(xiàn)。據(jù)估計,攜帶 WNT10A 單一雜合變異的個體中,約 41% 不會患上 TA。

圖1 展示了在綜合征性缺牙(TA)患者中發(fā)現(xiàn)的 WNT10A 變異。一些 WNT10A 變異被認為是特定人群中常見的“熱點”突變。例如,c.637G > A (p.Gly213Ser) 變異在亞洲人群中較為常見,而 c.682T > A (p.Phe228Ile) 變異則在白種人群體中的綜合征性缺牙(TA)患者中以純合或雜合形式廣泛報道,且在正常對照中也有 2.3% 的頻率。Phe228Ile 變異是最常見的變異,通常與 WNT10A 或其他基因中的變異共同出現(xiàn)。這些發(fā)現(xiàn)支持綜合征性缺牙(TA)的寡基因遺傳模型,后文將對此進行討論。

2.2.5. LRP6
LRP6(LDL 受體相關(guān)蛋白 6)是 Wnt/β-catenin 信號通路中的輔助受體,最近有研究表明它在孤立型綜合征性缺牙(TA)的發(fā)病中起到一定作用。在患有散發(fā)性綜合征性缺牙(TA)或家族中有綜合征性缺牙(TA)分離現(xiàn)象的個體中,發(fā)現(xiàn)了六種 LRP6 變異,包括一個無義變異(c.1779dupT,p.Glu594*)、兩個插入突變(c.2224_2225dupTT,p.Leu742Phefs7 和 c.1144_1145dupAG,p.Ala383Glyfs8)以及一個剪接位點突變(c.3607+3_6del,p.?),這些突變均導致截短的 mRNA 產(chǎn)物,此外還有一個錯義突變(c.56C > T,p.Ala19Val)。在小鼠中,LRP6 在牙囊和內(nèi)釉質(zhì)上皮中表達,而 LRP6 的純合缺失會導致嚴重的骨骼異常并且致死。

2.2.6. 近期與綜合征性缺牙(TA)相關(guān)的其他基因
在 7 名患有 TA(牙齒發(fā)育不全)和其他畸形(如牛牙畸形、毛發(fā)稀疏且生長緩慢、皮膚干燥和瘙癢)的患者中發(fā)現(xiàn)了 GREM2(編碼 GREMLIN2)的突變 。GREMLIN2 被知曉在胚胎發(fā)育過程中調(diào)節(jié) BMP,其中 BMP4 在牙齒發(fā)育中起著重要作用,且其敲除會導致小鼠牙齒發(fā)育停滯。有趣的是,盡管 GREM2 基因敲除小鼠的牙齒小且畸形,但牙齒發(fā)育并未停滯。這些發(fā)現(xiàn)表明 GREM2 在牙齒發(fā)育過程中可能發(fā)揮著作用。GREM2 中的三種錯義突變(p.Ala13Val、p.Glu136Asp 和 p.Gln76Glu)已被鑒定為與單獨患綜合征性缺牙(TA)的個體相關(guān)的致病變異,且尚未與其他結(jié)構(gòu)畸形相關(guān)。即便在同一家族中,GREM2 突變的表現(xiàn)度也有所不同。

EDA、EDAR 和 EDARADD 也被認為與孤立型綜合征性缺牙(TA)相關(guān)。在一項基因型-表型相關(guān)性研究中,孤立型綜合征性缺牙(TA)患者中的所有 EDA 突變均為錯義突變,并且最可能出現(xiàn)在 TNF 結(jié)構(gòu)域。

另一個與 WNT 通路相關(guān)的基因 WNT10B(無翅型 MMTV 整合位點家族,成員 10B)也與孤立型綜合征性缺牙(TA)相關(guān),盡管這種變異主要出現(xiàn)在中國和泰國的家族中。在中國的綜合征性缺牙(TA)患者中,尤其是缺失上側(cè)門牙的個體中,發(fā)現(xiàn)了 WNT10B 中的三個雜合錯義突變(c.632G > A,p.Arg211Gln;c.569C > G,p.Pro190Arg;和 c.851T > G,p.Phe284Cys)以及一個無義突變(c.786G > A,p.Trp262*)。最近在泰國的五個家族中,發(fā)現(xiàn)了兩個雜合錯義突變(c.475G > C,p.Ala159Pro 和 c.1052G > A,p.Arg351His),并與單獨的綜合征性缺牙(TA)以及小牙畸形和牛牙畸形等其他牙齒異常相關(guān)。

ANTXR1(炭疽毒素受體1)的純合錯義變異 c.1312C > T(p.Arg438Cys)已被證實與土耳其一家庭的 TA(少牙癥)相關(guān)。ANTXR1 的純合和雙等位基因突變與生長遲緩、脫發(fā)、假無牙癥和視神經(jīng)萎縮(GAPO)綜合征相關(guān),這些癥狀屬于常染色體隱性遺傳特征。在小鼠中,有針對性地破壞 Antxr1 可獲得無重大結(jié)構(gòu)缺陷的存活小鼠,但觀察到牙齒過度生長、門牙錯位和牙齒發(fā)育不良。在牙齒發(fā)育的早期階段,Antxr1 的表達存在于發(fā)育中的舌、上頜和下頜突的上皮、牙齒上皮及間充質(zhì)中,后期則出現(xiàn)在釉質(zhì)器上皮和牙乳頭中,并最終轉(zhuǎn)移至成釉細胞的極化層和正在分化的成牙本質(zhì)細胞中。ANTXR1 是一種與結(jié)直腸癌相關(guān)的腫瘤特異性內(nèi)皮細胞標志物,在腫瘤血管生成過程中上調(diào)。此前,Lammi 等人 發(fā)現(xiàn)腫瘤抑制基因 AXIN2 的突變與一例患有嚴重 TA(少牙癥)和結(jié)直腸癌的家族相關(guān),并提出綜合征性缺牙(TA)和結(jié)直腸癌可能具有共同的遺傳病因。此后,已有大量研究報道與綜合征性缺牙(TA)相關(guān)的癌癥基因變異。這些發(fā)現(xiàn)凸顯了綜合征性缺牙(TA)的復(fù)雜性,并強調(diào)在研究中考慮修飾基因和/或基因間相互作用的必要性。

最近的一項全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)納入了 1900 多例綜合征性缺牙(TA)病例和 33 萬例具有歐洲血統(tǒng)的對照,發(fā)現(xiàn)了 4 種與綜合征性缺牙(TA)相關(guān)的新風險變異,以及 5 種與綜合征性缺牙(TA)伴隨口面部腭裂的綜合表型相關(guān)的風險變異 ??谇划惓J强诿娌侩窳褍和某R姲Y狀,人們根據(jù)相關(guān)口腔異常的模式提出了腭裂亞表型。在這9個變異中,5個位于或接近與牙齒發(fā)育和/或其他外胚層結(jié)構(gòu)發(fā)育有關(guān)的 Wnt 通路基因(EDA、EDAR、FOXI3、FORXP1 和 LEF1),其余 4 個則位于或接近與綜合征性缺牙(TA)或牙齒發(fā)育無關(guān)的基因(ASCL5/CACNA1S、ARHGAP15、NOL11 和 FAM49A)。此外,本研究還發(fā)現(xiàn) WNT10A 中的兩個已知變異(p.Phe228Ile 和 p.Cys107*)與綜合征性缺牙(TA)顯著相關(guān)。

3. 單基因遺傳模型與寡基因遺傳模型

近年來,針對多種孟德爾疾病,研究者提出了寡基因遺傳和多位點變異模型,并進一步確立了突變負荷的概念。對于TA(少牙癥),寡基因遺傳的證據(jù)逐漸顯現(xiàn),這得到了最近全外顯子組測序研究和對多個候選基因進行直接測序研究結(jié)果的支持。

研究表明,MSX1和PAX9的雙基因突變與更嚴重的TA表型(15至17顆牙齒缺失)相關(guān)。這些基因之間的相互作用已經(jīng)初步揭示:PAX9與MSX1共同作用,協(xié)同激活下游牙齒發(fā)育基因(如BMP4)的表達,這對于牙齒形態(tài)發(fā)生至關(guān)重要。當這兩個基因發(fā)生雙基因突變時,它們的相互作用可能會被破壞,從而導致更嚴重的TA表型。

最近的研究還發(fā)現(xiàn),TA患者中有些人表現(xiàn)出WNT10A的雙等位基因或雜合基因型,并同時攜帶EDA、EDAR或EDARADD基因的純合或雜合突變,這表明不同基因中等位基因的綜合效應(yīng)導致了TA。此外,在一名上頜恒尖牙TA患者中,發(fā)現(xiàn)了WNT10A的復(fù)合雜合突變(IVS2 + 1G > A和c.637G > A)以及GREM2的錯義雜合變體(c.38C > T)。

在一個土耳其近親家族中,還發(fā)現(xiàn)了DKK1(Dickkopf WNT信號通路抑制因子1;c.548-4G > T)和COL17A1(XVII型膠原蛋白α1鏈;c.3277 + 3G > C)中的雜合剪接突變,以及LAMA3(層粘連蛋白α3亞基;c.2798G > T)中的雜合錯義變體與TA相關(guān)。這些基因的致病突變尚未在TA患者中廣泛發(fā)現(xiàn),但由于它們的生物學作用和/或與疾病表型的相關(guān)性,它們可以被視為潛在的候選基因。DKK1編碼高親和力的Dickkopf同源物1跨膜受體,能夠與LRP6協(xié)同作用,在發(fā)育及其他細胞過程中阻斷Wnt信號傳導。在小鼠中,DKK1在牙齒間充質(zhì)、成牙本質(zhì)細胞和成骨細胞中表達,其轉(zhuǎn)基因小鼠胚胎口腔上皮中的異位表達會阻斷上皮和間充質(zhì)的信號傳導,導致牙齒發(fā)育在芽期停止。此外,DKK1的常見單核苷酸多態(tài)性(rs11001553)已被發(fā)現(xiàn)在中國漢族人群中與單獨的TA相關(guān)。

LAMA3基因突變與交界性大皰性表皮松解癥(OMIM #226650)相關(guān),這是一種常染色體隱性皮膚病,特征包括多發(fā)水皰、糜爛、營養(yǎng)不良性指甲、牙釉質(zhì)發(fā)育不全和牙齒發(fā)育不全。在小鼠中,LAMA3的靶向破壞會導致成釉質(zhì)細胞分化缺陷。在患有牙釉質(zhì)缺陷的大皰性表皮松解癥患者中,也發(fā)現(xiàn)了COL17A1的突變。

此外,在一對意大利兄妹中,發(fā)現(xiàn)了PITX2基因5'UTR中的純合變異(c.-387delC > G),該變異與Axenfeld–Rieger綜合征相關(guān),以及BMP4中的純合錯義變異(c.T455C,p.Val152Ala),這些變異與單獨的TA一起分離。

多個基因座中的潛在致病等位基因的發(fā)現(xiàn)表明,孤立型TA可能存在寡基因遺傳和多位點變異模型,這可能導致表型的多樣性。隨著對特征明確的TA個體和家族進行全基因組測序,并仔細研究基因型-表型相關(guān)性,可能會發(fā)現(xiàn)新的TA相關(guān)基因,這些基因可能單獨作用或與其他基因相互作用。

4. 遺傳途徑是未來研究的重點

多年來,使用轉(zhuǎn)基因動物的研究表明,BMP、FGF 和 WNT 信號通路基因缺陷會導致嚴重的牙齒發(fā)育異常,范圍從牙齒形態(tài)缺陷到牙齒發(fā)育完全停止 。同時,尚未發(fā)現(xiàn)與綜合征性缺牙(TA)相關(guān)的 FGF 家族基因突變,而在一個綜合征性缺牙(TA)家族中發(fā)現(xiàn)了BMP4的單一變體(見上文)。

目前的現(xiàn)有證據(jù)支持 WNT 通路基因在孤立性綜合征性缺牙(TA)中發(fā)揮重要作用,最主要的是TA 個體中AXIN2、WNT10A、WNT10B和LRP6的致病突變頻率較高。WNT 信號分子對于胚胎發(fā)育過程中多種細胞類型的模式化、增殖和分化至關(guān)重要。據(jù)報道,牙上皮分泌 WNT,特別是WNT4、WNT6和WNT10,對牙齒發(fā)育至關(guān)重要,因為 WNT 信號的缺失會導致釉質(zhì)結(jié)功能障礙,隨后導致牙齒發(fā)育停滯。

EDA、EDAR和EDARADD在綜合征型和孤立型綜合征性缺牙(TA)中均發(fā)揮作用,它們屬于 NF-kB 信號通路。NF-kB 通路中的其他基因包括NEMO(核因子 κB 激酶亞基 γ 抑制劑,一種重要的通路調(diào)節(jié)劑)和TRAF6(TNF 受體相關(guān)因子 6),盡管人們對這些基因在牙齒發(fā)育中的確切作用知之甚少,并且據(jù)報道,在綜合征型綜合征性缺牙(TA)患者中這兩個基因存在變異 。

基于上述觀察,多位點變異是某些綜合征性缺牙(TA)病例的潛在解釋,候選基因?qū)儆谙嗤虿煌男盘柾罚梢约僭O(shè)單獨的綜合征性缺牙(TA)可能是多個基因變異的結(jié)果,這些基因單獨作用或與其他基因結(jié)合作用,導致該疾病的不同表現(xiàn)度。確定綜合征性缺牙(TA)中假定缺陷基因的全部范圍、它們所屬的通路(圖 2)、它們的功能和相互作用伙伴,將有助于我們更好地了解綜合征性缺牙(TA)的潛在機制,并可能成為未來預(yù)防和牙齒替換策略的基礎(chǔ)。

圖 2.

圖 2

Phenolyzer 預(yù)測的牙齒發(fā)育不全基因網(wǎng)絡(luò)。所示網(wǎng)絡(luò)包括前 50 個優(yōu)先基因及其與種子基因的預(yù)測關(guān)系。較大的深藍色節(jié)點表示種子基因,中等寶藍色節(jié)點表示相互作用基因。綠色字體表示預(yù)測基因。藍線表示蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用。

5. 結(jié)論

孤立性綜合征性缺牙(TA)是一種異質(zhì)性疾病,其表現(xiàn)形式各異。雖然許多基因的變異被認為是綜合征性缺牙(TA)的病因,但許多個體的綜合征性缺牙(TA)病因仍未解決,可能反映了牙齒發(fā)育中未知的基因突變或多位點變異的存在。此外,環(huán)境和表觀遺傳因素也可能被視為綜合征性缺牙(TA)表型的可能因素,應(yīng)在未來的研究中加以探索。對特征明確的個體和家族進行下一代測序研究具有獨特的能力,可以識別整個基因組中所有綜合征性缺牙(TA)易感變異,同時揭示可能對牙齒發(fā)育至關(guān)重要的重要遺傳和網(wǎng)絡(luò)相互作用。進一步的遺傳和功能研究側(cè)重于新發(fā)現(xiàn)的基因和途徑,有可能闡明孤立性綜合征性缺牙(TA)的遺傳圖景,并為預(yù)防和治療策略提供見解。針對綜合征性缺牙(TA)相關(guān)基因和/或途徑的靶向療法可能代表未來的牙齒替代療法。

 

(責任編輯:佳學基因)
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